Второй экземпляр книги Бернар передал в монастырь Везеля, где она сохранялась многие десятилетия. В конце концов она исчезла во времена преследования тамплиеров, которое учинил французский король Филипп Красивый в начале XIV века.

«Бернар Великий сообщил нашему обществу мысли Иоганна из Иерусалима, нашего сына», — написано в одной из хроник монастыря, посвящённой призыву Бернара Клервоского ко Второму крестовому походу.

Третий экземпляр (точная дата неизвестна) попал в руки легистов — юристов французского королевского двора. Может быть, он был передан им каким-то монахом после смерти Бернара, которая случилась в 1153 году в Клерво? Во всяком случае, книга стала — и в этом мы уверены — одним из «доказательств», которые представлялись во время организованного Филиппом Красивым судебного процесса против ордена тамплиеров обвинителями со стороны короля. После того как в 1307 году были арестованы Великий мастер ордена Жак де Моле и шестьдесят рыцарей ордена, а их владения и рукописи были конфискованы, «тайные протоколы пророчеств» (это название возникло только в XIV веке) были представлены как «сочинения дьявола» и доказательство того, что тамплиеры состоят в связи с «силами зла».

Обвинители мало интересовались тем, что Иоганн из Иерусалима говорит о третьем тысячелетии. Для них, если он описывает будущее как «ад», значит, он подчиняет людей «воле зла». К этому добавлялись другие отвратительные преступления, в которых обвиняли тамплиеров (ритуальные убийства, содомия, ересь, взяточничество и т. д.): они — «солдаты дьявола, рыцари зла», и в протоколе суда фиксировались доказательства этого тёмного сговора. Рукопись Иоганна из Иерусалима, которая попала в руки французского суда, сыграла, таким образом, фатальную роль в судьбе ордена, одним из основателей которого был он сам.